Encefalite é uma doença neurológica grave, com alta taxa de mortalidade e que pode deixar sequelas pro resto da vida. Esta doença é muitas vezes causada por uma infecção e entre os agentes mais comuns estão os herpesvirus, os enterovirus e os arbovírus. Entretanto, em mais de 50% dos casos de encefalite, não se consegue identificar o agente causador da doença , prejudicando o tratamento e a recuperação do paciente. Desde 2013, um crescente número de casos de encefalites tem se observado na região nordeste do Brasil, um aumento de quatro vezes se comparado a anos anteriores. Esta região possui condições climáticas e urbanísticas propícias para a disseminação de arboviroses e deste 2014 apresenta a cocirculação dos vírus da Zika, chikungunya e dengue. Além destes, vários outros arbovírus estão associados a encefalites, muitos ainda inéditos (ou raramente observados) no Brasil, porém pouquíssimos estudos já investigaram o tema no país. Neste projeto, pretendemos investigar os vírus associados a casos de encefalites no nordeste brasileiro e se o aumento observado deve-se a um novo vírus circulando na região ou aos já endêmicos arbovírus.