Produtos naturais representam a mais valiosa fonte de esqueletos químicos para o desenvolvimento de fármacos. No entanto, etapas experimentais laboriosas e a necessidade de altas quantidades do insumo (extrato natural) limitam a execução e o sucesso de projetos de descoberta de fármacos a partir de produtos naturais. Propomos, pois, a criação da plataforma NP3, uma plataforma computacional que visa acelerar o processo de identificação de novos produtos naturais bioativos e seus sítios de ligação em proteínas alvo, partindo de três inputs experimentais não tão usuais: i) densidade eletrônica do inibidor, observada a partir de dados de cristalografia de proteínas; ii) dados de fragmentação de massas, obtidos por análises LC-MS/MS; iii) atividade biológica das amostras químicas. Estes dados experimentais são obtidos a partir de amostras de produtos naturais não purificadas, logo no início do processo de descoberta. Seu processamento automatizado via plataforma NP3 deve acelerar a etapa de descoberta de produtos naturais bioativos e, consequentemente, o desenvolvimento de novos fármacos a partir de produtos naturais.